Un nouveau test PCR peut identifier toutes les variantes du SARS-CoV-2 :

image: Chaque balise moléculaire en forme d’épingle à cheveux a une couleur spécifique et devient fluorescente lorsqu’elle se lie à sa mutation génétique cible.
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Crédit: Salvatore Marras :

Philadelphie, le 17 mars 2022 – Après le début de la pandémie de SRAS-C0V-2, les enquêteurs de ResearchPath LLC et leurs collaborateurs de l’Université Rutgers ont rapidement consacré des ressources pour développer des tests COVID-19 précis et fiables. Au fur et à mesure que des variantes sont apparues, ils ont développé un test PCR qui utilise des balises moléculaires non seulement pour diagnostiquer l’infection au COVID-19, mais également pour identifier la variante spécifique à l’origine de cette infection. Leurs recherches apparaissent dans : Le Journal de diagnostic moléculaire :, édité par Elsevier. Leur méthodologie est ouvertement disponible afin qu’elle puisse être reproduite par n’importe quel établissement capable d’effectuer un test PCR.

“Il est extraordinaire de voir que le SRAS-CoV-2 n’était pas une infection monolithique avec un ensemble prévisible de caractéristiques cliniques, mais plutôt une maladie en constante évolution pour laquelle les différentes souches produisent des caractéristiques cliniques uniques qui affectent les tests, les symptômes et même qui les systèmes d’organes peuvent être attaqués », a expliqué le chercheur principal Sanjay Tyagi, PhD, Institut de recherche en santé publique, New Jersey Medical School, Rutgers University, Newark, NJ, États-Unis.

L’identification de souches spécifiques révèle des informations importantes telles que la durée de la période d’incubation, la durée de la période contagieuse, la transmissibilité, la pathogénicité et même les changements dans les symptômes prédominants.

Les informations sur les types de souches sont généralement communiquées par la communauté internationale ou quelques États à forte population qui effectuent le séquençage génétique. Le séquençage en profondeur nécessaire pour identifier les souches de SRAS-CoV-2 est précis et peut identifier chaque mutation présente dans un échantillon, mais il est coûteux, lent et nécessite un équipement spécialisé. Pourtant, la connaissance du type de souche fournit des informations importantes pour les professionnels de la santé publique, les décideurs et les particuliers.

“Savoir qu’une souche hautement contagieuse et dangereuse émerge dans une communauté locale pourrait informer les décideurs politiques de prendre des mesures de sécurité pour limiter la propagation”, a déclaré la co-chercheuse Ashley Hill, MD, ResourcePath LLC, Sterling, VA, USA. « Il peut également servir de système d’alerte précoce pour les systèmes de santé qui doivent planifier les augmentations des visites aux urgences et des soins aux soins intensifs. Savoir quelle souche a infecté une personne peut également aider à déterminer quels traitements seraient les plus bénéfiques. »

À l’aide de sondes PCR en temps réel conçues par l’Université Rutgers et déjà utilisées dans le monde entier à de nombreuses fins, Rutgers a conçu le test Rutgers-RP RT-PCR pour détecter les mutations du SRAS-CoV-2 dont il a été démontré qu’elles augmentent l’évasion immunitaire, évitent la neutralisation , et augmenter la transmissibilité. Ils ont été les premiers à utiliser des balises moléculaires pour identifier des mutations génétiques spécifiques. Les balises moléculaires sont des molécules en forme d’épingle à cheveux qui peuvent être conçues pour se lier sélectivement à une séquence mutante spécifique, en évitant les séquences de type sauvage qui diffèrent souvent par un seul nucléotide.

Neuf mutations ont été sélectionnées pour les tests, et la balise de chacune a des colorants de couleurs différentes. Chaque variante originale préoccupante – alpha, bêta, gamma, delta et omicron – possède une combinaison unique de ces mutations. et lorsque la balise se lie à sa molécule cible, sa couleur distincte peut être détectée par le dosage.

Chaque balise a été testée individuellement pour confirmer sa spécificité à la mutation attribuée. Ensuite, les balises ont été combinées dans un test multiplex et testées par RT-PCR sur 26 échantillons de patients positifs au SRAS-CoV2 qui avaient été préalablement testés et identifiés par séquençage en profondeur. Deux échantillons ont été identifiés comme la variante alpha, deux comme la variante epsilon et huit comme la variante delta. Le test multiplex était en parfait accord avec les résultats du séquençage en profondeur, avec une sensibilité et une spécificité de 100 %.

Les chercheurs rapportent que le test est également très adaptable. Lorsque omicron est apparu, les chercheurs ont pu concevoir une balise en moins d’un mois pour identifier une mutation unique à omicron et importante pour l’évasion immunitaire. Les enquêteurs ont identifié la variante omicron dans 17 des 33 échantillons de patients supplémentaires qui avaient été précédemment testés, et les résultats étaient en accord à 100 %.

« Les outils que nous avons développés pour suivre et identifier de nouvelles variantes seront utiles pour cette pandémie et pour tout virus ou agent pathogène imprévu qui pourrait survenir à l’avenir », a déclaré l’auteur principal Ryan J. Dikdan, BS, Public Health Research Institute, New Jersey Medical School. , Université Rutgers, Newark, NJ, États-Unis.

« Le virus SARS-CoV-2 n’en a pas encore fini avec nous. Nous avons désespérément besoin d’un système de surveillance mondial des inévitables souches émergentes qui pourraient être encore plus contagieuses ou mortelles », ont déclaré les enquêteurs. « Le test de variante Rutgers-RP RT-PCR pourrait être largement déployé dans les laboratoires du monde entier dès maintenant pour surveiller toutes les variantes connues préoccupantes. Le test sera mis à jour avec de nouveaux ensembles d’amorces / sondes pour chaque nouvelle variante importante qui émerge. »


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