Un laboratoire kenyan renforce la surveillance du génome en Afrique – Kenya :

Kilifi, Kenya : – Au milieu du doux ronronnement du climatiseur et des écrans LED scintillants, des techniciens de laboratoire à l’intérieur d’une installation tentaculaire sur la côte kenyane regardent dans des tubes à essai et parcourent des feuilles de calcul, travaillant dur pour aider à propulser les efforts de l’Afrique pour surveiller et détecter les variantes du COVID-19 et renforcer la réponse à la pandémie.

Le séquençage du génome au laboratoire de l’Institut de recherche médicale du Kenya dans la ville côtière de Kilifi se concentrait auparavant sur des projets de recherche, séquençant environ deux douzaines d’échantillons par semaine.

Puis la pandémie a frappé.

Desservant désormais cinq pays et faisant partie du réseau continental de 12 laboratoires mis en place pour étendre la surveillance des agents pathogènes de la région grâce au séquençage du génome, le laboratoire de Kilifi séquence jusqu’à 200 échantillons par semaine, bien qu’il ait une capacité allant jusqu’à 700.
Le séquençage du génome est essentiel pour lutter contre le COVID-19, permettant aux gouvernements et aux autorités sanitaires de prendre des décisions de santé publique rapides et éclairées, telles que des mesures pour renforcer la préparation à des poussées potentielles dues à des variantes plus infectieuses ou intensifier la vaccination, le diagnostic et le traitement.

“Une séquence du génome est comme une empreinte digitale pour le virus”, explique le Dr George Githinji, chef d’équipe de la surveillance génomique à l’Institut de recherche médicale du Kenya à Kilifi. « À partir d’une séquence, nous apprenons l’histoire du virus, ce qui nous aide à comprendre les schémas de transmission et comment conserver : [COVID-19] de se répandre. »

Le laboratoire a produit plus de 8000 séquences depuis avril 2020 à partir d’échantillons envoyés par les Comores, l’Eswatini, l’Éthiopie, les Seychelles, le Soudan ainsi que du Kenya. Un quart de ces échantillons ont été expédiés depuis les cinq pays de la sous-région.
L’Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande aux pays d’expédier au moins 5 % de leurs échantillons de COVID-19 au laboratoire de séquençage de référence ou de produire en continu des données de séquençage s’ils en ont la capacité.

“Plus il y a de séquences, mieux c’est”, déclare le Dr Nicksy Gumede-Moeletsi, virologue régional au Bureau régional de l’OMS pour l’Afrique. “Parce que le virus change constamment, il est important que des échantillons de tout le continent soient séquencés régulièrement afin que nous puissions comprendre le SRAS-CoV-2 à mesure qu’il évolue.”

Il faut trois jours pour passer de l’échantillon à la séquence au laboratoire de Kilifi, mais environ deux semaines pour traiter entièrement les échantillons envoyés d’autres pays et fournir une analyse complète. Le séquençage est un processus détaillé et peut également être coûteux, en particulier lorsque les échantillons sont envoyés de l’étranger. L’expédition seule peut coûter jusqu’à 500 $ US pour chaque livraison. Il y a aussi une multitude d’approbations nécessaires avant que les livraisons puissent avancer.

“L’OMS agit en tant qu’intermédiaire, facilitant les accords, naviguant aux douanes, gérant la paperasse et organisant la logistique”, explique le Dr Juliet Nabyonga, représentante par intérim de l’OMS au Kenya. “Nos équipes travaillent avec les gouvernements et les laboratoires pour accélérer les processus administratifs afin que les échantillons puissent arriver froids et intacts.”

Le Dr Gumede-Moeletsi souligne que l’envoi d’échantillons d’un pays à un autre pour le séquençage est une “solution palliative”, ajoutant qu'”en fin de compte, les pays doivent être en mesure de séquencer et d’analyser les génomes sans compter sur un soutien extérieur”.

Les pays africains progressent à grands pas vers l’autosuffisance en matière de séquençage du génome. Après avoir reçu une formation de l’OMS, Eswatini séquence désormais ses propres échantillons de COVID-19 et n’envoie plus d’échantillons au Kenya. Les Comores sont sur le point de leur emboîter le pas après que leurs techniciens de laboratoire ont reçu une formation de l’OMS, qui aide également le pays à se doter de sa propre machine de séquençage. Avec le soutien de l’OMS, le laboratoire de Kilifi va former des techniciens de laboratoire d’Ethiopie et de Tanzanie.

Des pays comme le Tchad, Maurice, la Namibie et le Zimbabwe qui envoyaient auparavant des échantillons à des laboratoires régionaux de référence en dehors de leur territoire ont désormais leurs propres laboratoires de séquençage.

L’OMS a fourni plus de 6,5 millions de dollars américains pour aider les pays africains à accroître les capacités de séquençage existantes ou à développer une nouvelle expertise. Cela a porté ses fruits. Début 2021, seules 5000 séquences avaient été produites à l’échelle du continent. Aujourd’hui, les laboratoires africains ont généré des profils génétiques de plus de 93 000 échantillons de SARS-CoV-2.

« Nous avons renforcé nos capacités d’analyse en bioinformatique. Nous pouvons tirer beaucoup de synergie et de force en nous concentrant sur les agents pathogènes d’intérêt en établissant des collaborations et en soutenant l’analyse », explique le Dr Githinji. “Il ne suffit pas de savoir ce qui circule. Vous avez besoin de l’analyse pour rendre le séquençage significatif afin qu’il ait un impact sur la politique. »

Le séquençage du génome peut révolutionner la santé publique et transformer les réponses à d’autres menaces sanitaires majeures au-delà du COVID-19. Au cours des deux dernières décennies, le séquençage du génome a joué un rôle central dans les efforts de lutte contre le VIH, la tuberculose, Ebola, la poliomyélite, la rougeole, l’hépatite B et C, entre autres en Afrique.

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