Un nouveau type de test génétique connu sous le nom de score de risque polygénique pourrait changer la façon dont les cliniciens détectent et traitent les maladies chroniques. Mais pour être largement utilisés, les résultats génomiques dans de grandes populations doivent d’abord être traduits en tests cliniques valides pour des patients individuels. Ensuite, les médecins ont besoin d’interprétations significatives des données de test pour aider à prendre des décisions cliniques concernant les soins aux patients.
Dans une étude publiée dans : médecine naturelle, les chercheurs rapportent des détails sur la façon dont ils ont mis en place un test génétique pour six maladies courantes et ont élaboré des rapports explicatifs pour aider à combler le fossé entre la science et les soins cliniques.
Le test et les rapports ont été créés pour l’étude GenoVA, un essai clinique qui vise à déterminer si les scores de risque polygénique (PRS), également appelés scores polygéniques (PGS), pourraient être utilisés efficacement dans un contexte de soins primaires. L’essai randomisé recrutera 1000 patients au système de santé des anciens combattants de Boston et les suivra pendant 2 ans.
Les auteurs rapportent les premières données du nouveau test de laboratoire. Pour les 227 participants inscrits jusqu’à présent, 11% avaient un risque élevé de fibrillation auriculaire, 7% étaient à risque de maladie coronarienne, 8% de diabète de type 2, 6% de cancer colorectal, 15% des hommes avaient un cancer de la prostate en augmentation et 13 % des femmes présentaient un risque accru de cancer du sein.
Les scores polygéniques sont prometteurs pour éclairer les décisions de dépistage et de traitement, dans le but de prévenir les maladies chroniques. Jason Vassy, MD, du Brigham and Women’s Hospital et VA Boston, déclare : « Il est important de considérer le PRS comme un facteur de risque de maladie, et non comme un test de diagnostic ou une indication qu’un individu développera certainement la maladie.
Il poursuit : « La plupart des maladies ont des étiologies complexes et multifactorielles, et un SRP élevé n’est qu’une pièce du puzzle. Le SRP ne remplace pas les facteurs de risque traditionnels auxquels nous pensons habituellement en médecine clinique, comme l’alimentation et l’exercice pour prévenir le diabète de type 2. et l’arrêt du tabac pour réduire le risque de maladies cardiovasculaires. »
Actuellement, les tests génétiques cliniques sont généralement effectués lorsqu’un patient est suspecté d’avoir une maladie spécifique ou des antécédents familiaux d’une maladie, telle que la drépanocytose ou le cancer du sein. Les tests pour ces types de conditions sont souvent monogéniques, ne détectant que certaines mutations.
Les tests PRS ont le potentiel d’éclairer les décisions cliniques des années avant que les patients ne deviennent symptomatiques. Le test PRS dans cette étude combine de grandes quantités d’informations génétiques pour évaluer le risque d’un patient pour plusieurs conditions. Le risque de maladies chroniques courantes peut impliquer des centaines à des millions de petites variations génétiques. Seules, ces variations ont un impact minimal sur le risque de maladie d’une personne, mais ensemble, elles peuvent entraîner un risque accru de maladies spécifiques.
Certains tests PRS sont actuellement disponibles auprès des laboratoires directement destinés aux consommateurs, en oncologie et dans le cadre de certains essais cliniques, mais ils ne sont pas couramment utilisés en médecine générale.
Vassy et ses collègues ont développé et validé des PRS pour la fibrillation auriculaire, la coronaropathie, le diabète de type 2, le cancer du sein, le cancer colorectal et le cancer de la prostate au Mass General Brigham Laboratory for Molecular Medicine.
L’équipe a calculé le PRS final sur la base du génotypage individuel des patients combiné à des modèles statistiques de population.
Dans l’étude GenoVA, des adultes âgés de 50 à 70 ans qui n’ont aucun antécédent de maladie fournissent de la salive ou du sang pour le test PRS au Boston VA. Les participants sont stratifiés par résultat de risque et sont répartis au hasard pour recevoir les résultats des tests soit immédiatement, soit après 24 mois.
Les inscrits sont ensuite suivis pendant 2 ans pour observer comment eux-mêmes et leurs prestataires de soins primaires utilisent les informations sur les scores de risque et si des mesures préventives ou d’autres tests cliniques sont utilisés. Des directives sont fournies aux patients et aux cliniciens tout au long de l’étude, ainsi qu’un conseil génétique. En fin de compte, l’étude vise à déterminer si la mise en œuvre de la SRP améliore les résultats de santé.
Les participants à l’étude proviennent d’horizons divers; 52% des 227 premiers patients déclarent une origine ethnique non blanche et non hispanique. Pour tenir compte du fait que la plupart des recherches génomiques à ce jour ont été basées sur des populations européennes, les chercheurs ont utilisé des méthodes statistiques pour calculer les scores entre les groupes raciaux.
Le test PRS est-il l’avenir de la prévention des maladies chroniques ?
Des études d’association à l’échelle du génome (GWAS) à partir d’ensembles de données plus inclusifs sont nécessaires pour améliorer la pertinence de la PRS dans tous les groupes d’ascendance, écrivent les auteurs.
Vassy souligne que “les estimations de risque de GWAS sont les fondements des scores polygéniques, donc un score n’est aussi valide que son original.” Heureusement, ajoute-t-il, “des progrès se produisent sur plusieurs fronts, et cela sera essentiel pour promouvoir la mise en œuvre équitable des scores polygéniques. Des cohortes plus importantes et plus diversifiées sont recrutées pour les études GWAS, et des méthodes statistiques GWAS plus sophistiquées et trans-ascendance en cours de développement pour analyser ces données plus diverses. »
En Angleterre, des chercheurs étudient les avantages de l’utilisation de scores polygéniques dans les contrôles du National Health Service pour les maladies cardiovasculaires, un domaine de risque génétique bien étudié. Le nouvel article et l’effort en anglais s’inspirent du catalogue PGS, une base de données ouverte construite par Samuel Lambert, du département de santé publique et de soins primaires de l’Université de Cambridge, et ses collègues pour fournir des scores et des méthodes qui peuvent être réutilisés et adaptés à des fins cliniques. utiliser.
Il dit qu’il recommanderait PRS en toute confiance aux membres de sa famille – en particulier, certains tests approfondis sur le cancer – “à condition : [the results] serait interprété en collaboration avec un professionnel de la santé qui comprend la génétique (par exemple, un conseiller en génétique) avec des informations soigneusement vérifiées sur la validité et l’actionnabilité du résultat du test. “
Lambert estime qu’il est important de comprendre que les tests PRS ne sont pas déterministes. “Les informations sur les risques sont intrinsèquement probabilistes et relatives (par exemple, vous avez un risque quatre fois plus élevé que la personne moyenne, mais si la prévalence de la maladie est de 0,5%, c’est une petite différence absolue)”, dit-il.
“Le PRS explique également une fraction de la variabilité du risque dans la population et ne doit donc pas être utilisé seul mais en combinaison avec d’autres facteurs de risque et outils établis pour prédire le risque futur lorsqu’ils existent”, a déclaré Lambert.
“Et troisièmement, la plupart des PRS actuels sont moins précis chez ceux d’ascendance non européenne en raison d’un manque de diversité ancestrale dans les cohortes et les ensembles de données qui ont été utilisés pour développer ces PRS ; une attention particulière doit être accordée pour s’assurer que les résultats des PRS sont valables pour le particulier », ajoute-t-il.
Le financement de l’étude a été fourni par le NIH National Human Genome Research Institute et le NIH, l’American Heart Association, le National Heart, Lung and Blood Institute, le National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases et le Massachusetts General Hospital. Vassy est un employé du département américain des anciens combattants ; les opinions exprimées ne représentent pas celles de la VA ou du gouvernement américain. Lambert est un employé de Cambridge-Baker Systems Genomics Initiative, Unité d’épidémiologie cardiovasculaire, Département de la santé publique et des soins primaires.
Nat Med. Publié en ligne le 22 avril 2022. Texte intégral :
Alyse Gray est une assistante pathologiste et écrivain qui a écrit deux livres. Elle est titulaire d’un baccalauréat en psychologie du Collège de Genève et d’une maîtrise en pathologie de l’Université du Maryland, à Baltimore.
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