La semaine dernière, 21 chercheurs du Conseil népalais de la recherche agricole (NARC) et un de l’iDE Népal ont participé à un atelier pour les doter de la méthodologie de test génétique la plus avancée pour le diagnostic au niveau de la souche du champignon mortel de la rouille jaune du blé.
L’atelier qui s’est tenu au Centre national de recherche en pathologie végétale (NPPRC) à Khumaltar était dirigé par des scientifiques du Centre John Innes et du CIMMYT et visait à former des chercheurs népalais à l’utilisation des diagnostics MARPLE.
“Le besoin de nouvelles technologies de diagnostic comme MARPLE et le moment critique de l’atelier ont été mis en évidence par la grave épidémie de rouille jaune observée cette saison dans les régions occidentales du Népal”, a commenté le Dr Dave Hodson co-chef de projet du CIMMYT. “Avoir la capacité nationale de détecter les menaces croissantes de la rouille jaune à l’aide de MARPLE sera un outil important pour aider à lutter contre la rouille du blé au Népal.”
Le champignon de la rouille jaune du blé peut entraîner des pertes de rendement en céréales de 30 à 80 % pour le blé, la troisième culture vivrière la plus importante du Népal.
Les méthodes de diagnostic actuelles de la rouille du blé utilisées au Népal sont lentes (il faut généralement des mois entre la collecte de l’échantillon et l’identification finale de la souche), coûteuses et dépendent de l’envoi d’échantillons à l’étranger à des laboratoires hautement spécialisés pour analyse.
Le diagnostic MARPLE est la première méthode à placer la capacité de diagnostic génétique au niveau de la souche directement entre les mains des chercheurs népalais, générant des données nationales en temps quasi réel pour une intégration immédiate dans les systèmes d’alerte précoce et les décisions de gestion des maladies.
Le Dr Diane Saunders, co-responsable du projet, a commenté : « Il s’agit d’une opportunité fantastique d’apporter les dernières innovations en matière de diagnostic des maladies des plantes pour les agents pathogènes de la rouille du blé là où elles sont le plus nécessaires, entre les mains de chercheurs sur le terrain travaillant sans relâche pour lutter contre ces maladies dévastatrices. maladies “.
Suraj Baidya, chercheur principal et chef du Centre national de recherche sur la pathologie végétale au NARC, a noté la récente expansion géographique inquiétante de la rouille jaune au Népal : “En raison du réchauffement climatique, la rouille jaune s’est maintenant déplacée dans la zone de la plaine et du bassin fluvial, probablement en raison de l’évolution de pathotypes tolérants à la chaleur. Les diagnostics MARPLE nous offrent désormais les diagnostics rapides nécessaires pour aider à identifier et à gérer ces changements dans la diversité des populations d’agents pathogènes de la rouille ».
L’approche de diagnostic MARPLE très innovante utilise le séquenceur de nanopores portable MinION, construit par Oxford Nanopore, pour générer des données génétiques pour typer les souches du champignon de la rouille jaune directement à partir d’échantillons de terrain.
Au-delà des diagnostics MARPLE, le Dr Saunders a noté que “l’atelier a également ouvert de nouvelles possibilités passionnantes pour les chercheurs au Népal en fournissant une capacité locale de séquençage du génome qui fait actuellement défaut”.
Quelle est la prochaine étape pour les diagnostics MARPLE au Népal ? Après le succès de l’atelier, les chercheurs népalais seront soutenus par le Centre John Innes et le CIMMYT pour entreprendre des diagnostics MARPLE sur des échantillons de terrain collectés par le NARC. “Le plan actuel comprend la surveillance de la rouille jaune sur les cultures de blé d’été plantées dans les zones de hautes collines, puis un échantillonnage précoce au cours de la saison de blé 2022/23”, note le Dr Dave Hodson.
Le Dr Diane Saunders a déclaré : « Nous avons été frappés par l’enthousiasme et le dévouement de nos collègues à exploiter le potentiel offert par les diagnostics MARPLE. Pour l’avenir, nous sommes ravis de continuer à travailler avec nos collègues népalais vers notre objectif commun d’intégrer cette méthodologie dans leur programme national de surveillance des rouilles du blé ».
Les diagnostics MARPLE sont soutenus par le Feed the Future Innovation Lab for Current and Emerging Threats to Crops financé par l’Agence des États-Unis pour le développement international (USAID), le prix de l’innovateur de l’année du UK Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), le CGIAR Big Data Platform Inspire Challenge, la Fondation Bill & Melinda Gates et le Foreign, Commonwealth and Development Office (Royaume-Uni).
Crédit image : Dany Ward :
