Le SRAS-CoV-2 se déplace entre les humains et la faune

En 2020, le Danemark a abattu des millions de visons pour réprimer une source de transmission zoonotique du COVID-19, le passage du virus SARS-CoV-2 entre les humains et les animaux. L’année dernière, des animaux de zoo, dont des lions, des tigres et des gorilles, sont tombés malades du virus, vraisemblablement infectés par leurs gardiens. Et plus tôt cette année, des hamsters de compagnie ont été impliqués dans la précipitation d’une nouvelle épidémie à Hong Kong.

Avant la pandémie de COVID-19, les coronavirus étaient connus pour provoquer certaines variétés de rhume ainsi que des maladies importantes dans les populations animales. Alors que la pandémie s’étend, il est devenu clair que le SRAS-CoV-2 a un penchant pour infecter un large éventail d’espèces animales.

Avec un virus si compétent pour sauter d’une espèce à l’autre, la crainte est que – même si la pandémie est maîtrisée dans les populations humaines – le virus puisse rester dans une population animale, prêt à franchir à nouveau les frontières des espèces pour recommencer le cycle de l’humanité. infection à nouveau.

“Le danger est qu’il peut former un réservoir animal qui peut se déverser dans les humains”, explique Frederic Bushman, microbiologiste à la Perelman School of Medicine de Penn. « On pense que cela s’est produit avec le vison. Chaque fois que le virus persiste, il y a une possibilité d’évolution supplémentaire, pour que le virus change.

Et bien qu’il n’y ait aucune preuve que cela se produise à un degré significatif, des recherches menées par des scientifiques aux États-Unis, y compris une équipe de Penn, suggèrent que ces réservoirs pourraient déjà exister.

L’année dernière, une enquête menée par la Penn State University sur l’infection par le SRAS-CoV-2 chez le cerf de Virginie dans l’Iowa a révélé des taux élevés de tests positifs pour le virus. Une étude antérieure du département américain de l’Agriculture a révélé que 40% de la valeur testée contenait des anticorps, signe qu’ils avaient déjà été exposés au virus. Et plus tôt ce mois-ci, la variante omicron a été trouvée chez des cerfs à New York. Au total, le SRAS-CoV-2 a été trouvé chez des cerfs de Virginie dans 15 États.

“Les cerfs de Virginie sont en tête d’une liste d’espèces animales qui ont des sites de liaison aux récepteurs cellulaires qui leur permettent d’être infectés par le SRAS-CoV-2”, explique Eman Anis, microbiologiste vétérinaire à l’École de médecine vétérinaire. “Si vous pensez à ce dont vous avez besoin pour avoir un réservoir, vous avez besoin que l’espèce soit infectée à un pourcentage relativement élevé et puisse propager l’infection d’un animal à l’autre. Tous ces critères sont remplis avec ce que nous voyons en valeur.

Dans une étude récente, Anis, ainsi que Bushman, le doctorant Andrew Marques, l’écologiste des maladies de la faune Erick Gagne de Penn Vet et ses collègues ont cherché à obtenir un aperçu général de la prévalence du virus chez les cerfs dans l’État de Pennsylvanie. Le Wildlife Futures Program, un partenariat entre la School of Veterinary Medicine et la Pennsylvania Game Commission, a contribué à faciliter la collecte d’échantillons.

“Nous étions intéressés à essayer d’utiliser notre réseau pour obtenir un ensemble étendu d’échantillons, afin d’avoir une meilleure idée de la distribution spatiale et de la prévalence du virus chez les cerfs”, explique Gagné.

En collaboration avec Wildlife Futures, les chercheurs ont obtenu des écouvillons nasaux de 93 cerfs tués par des chasseurs ou tués sur la route au cours de l’automne et de l’hiver 2021. Parmi ceux-ci, 18 ont été testés positifs avec un test PCR, soit 19 % de ceux échantillonnés, dans 10 des 31 comtés. échantillonnés, représentant diverses régions de l’État.

Sept de ces échantillons positifs ont subi un séquençage du génome entier dans le laboratoire de Bushman, qui séquence des échantillons humains et suit les variantes depuis le début de la pandémie et maintient un tableau de bord de leurs résultats, représentant près de 5 000 séquences du génome entier. Parmi les échantillons de cerfs, deux provenaient de la variante alpha du SRAS-CoV-2 et cinq de la variante delta. Les résultats ont été publiés sur un serveur de préimpression, MedRXiv, et n’ont pas encore fait l’objet d’un examen par les pairs, mais ce sont les premiers rapports écrits sur le delta et l’alpha chez les cerfs, dit Bushman.

Les deux alphas, ont remarqué les chercheurs, étaient suffisamment différents pour suggérer que le virus était passé des humains aux cerfs à deux reprises. Et il convient de noter qu’il n’y avait pas d’alpha circulant chez les humains au moment où l’alpha a été détecté chez les cerfs – le delta avait l’alpha non assis comme variante dominante.

“L’alpha a atteint un pic chez les humains en avril et en mai”, dit Bushman, “mais nous le voyons chez les cerfs en novembre, longtemps après qu’il a disparu chez les humains. Cela suggère que la variante alpha circule chez les cerfs en Pennsylvanie depuis assez longtemps. »

Les échantillons delta sont également tombés en deux groupes distincts, “ce qui ressemble potentiellement à deux événements de débordement indépendants”, explique Gagné. “Ces séquences correspondent plus étroitement à ce qui circulait chez les gens au moment de l’échantillonnage.”

Bien que les chercheurs incitent à la prudence dans l’interprétation de leurs résultats, les résultats, ainsi que ceux d’autres groupes, offrent la preuve que « l’infection d’un cerf n’est pas un événement ponctuel ou rare », déclare Gagné.

Les cerfs ne sont généralement pas considérés comme des animaux qui interagissent régulièrement avec les humains. Il reste un mystère sur la façon dont les humains ont pu transmettre à plusieurs reprises des infections aux animaux. Les personnes qui nourrissent des cerfs, des cerfs en captivité ou même le contact avec des eaux usées chargées de virus sont toutes considérées comme des possibilités.

“Maintenant que nous savons que les cerfs peuvent être infectés – en fait, un pourcentage énorme est positif – nous devons continuer à creuser”, déclare Anis.

Dans les mois à venir, ces chercheurs de Penn prévoient de faire exactement cela, dans le but d’étendre leurs tests sur les cerfs sauvages et d’incorporer des tests sur d’autres espèces sauvages.

“Il est très important de continuer à surveiller et d’étendre notre surveillance pour nous assurer que nous savons quelles différentes espèces peuvent être infectées et ce qui se passe réellement dans le monde”, déclare Anis. “Cela aidera à développer des stratégies de gestion qui peuvent également protéger les animaux et les humains.”

Eman Anis est professeur adjoint de microbiologie à l’École de médecine vétérinaire de l’Université de Pennsylvanie.

Frederic Bushman est titulaire de la chaire William Maul Measey de microbiologie à la Perelman School of Medicine de l’Université de Pennsylvanie.

Erick Gagne est professeur adjoint d’écologie des maladies de la faune à la Penn’s School of Veterinary Medicine.

Andrew Marques est doctorant au laboratoire Bushman de la Penn’s Perelman School of Medicine.

En plus d’Anis, Gagné, Bushman et Marques, les coauteurs du travail étaient Scott Sherrill-Mix de la Perelman School of Medicine, John K. Everett, Jriju Adhikari, Shantan Reddy, Carolyn C. Cannuscio, Katherine M. Strelau, Ronald G Collman, Brendan J. Kelly et Kyle G. Rodino et Julie C. Ellis, Haley Zeliff et Sabrina S. Greening de Penn Vet.

Le travail à Penn a été soutenu en partie par la University Research Foundation, les Centers for Disease Control and Prevention (subventions BAA 200-2021-10986 et 75D30121C11102/ 000HCVL1-2021-55232), des dons philanthropiques au Penn Center for Research on Coronaviruses and Other Emerging Pathogens, un don de Tracy Holmes, une subvention avec Robert J. Kleberg, Jr. et la Fondation Helen C. Kleberg, et les National Institutes of Health (subventions HL137063, AI140442, AI 121485, AI045008) et le Penn Center for AIDS Research. Ce projet a également été financé en partie par des fonds de l’Institut National des Allergies et des Maladies Infectieuses sous le Contrat No. 75N93021C00015.

Leave a Comment