La quête d’un informaticien pour résoudre un casse-tête critique en génomique :

Phillippy est issu d’une longue lignée de chocolatiers, également investis dans la réalisation de confiseries.

Originaire de Hershey, en Pennsylvanie, le grand-père paternel de Phillippy était ingénieur à l’usine Hershey, où lui et ses frères travaillaient, entre autres, sur la machine à emballer les baisers Hershey. (Vous pouvez trouver un article au Hershey Museum dédié aux frères Phillippy et à leurs contributions.)

Le grand-père maternel de Philippy était chimiste à l’usine. Examiner et travailler sur les moindres détails semblait être la spécialité de la famille Phillippy.

L’incursion de Phillippy dans le domaine de la génomique a commencé par une série d’événements heureux. Tout a commencé alors qu’il étudiait l’informatique en tant que premier cycle au Loyola College (aujourd’hui l’Université Loyola) à Baltimore.

« Je savais que j’étais bon en programmation informatique. J’ai aimé ça, et ça m’est venu facilement », dit-il. “C’est pourquoi je m’attendais à aller à l’école pour devenir programmeur.”

La première coïncidence dans le cheminement de carrière de Phillippy a été sa rencontre avec Arthur Delcher, Ph.D. À cette époque, Delcher était directeur du département d’informatique du Loyola College, mais il travaillait au clair de lune comme ingénieur chez Celera Genomics.

Là, il construisait un outil d’assemblage de séquençage du génome qui serait éventuellement utilisé pour assembler le premier projet de séquence du génome humain publié par Celera Genomics.

Lorsque Delcher a annoncé en classe qu’il avait besoin d’un assistant de recherche de premier cycle pour aider à l’assemblage de la séquence d’ADN, Phillippy a levé la main.

Peut-être était-ce un intérêt inné pour l’ADN qui a motivé Phillippy à se porter volontaire. Son père était un astronome et un professeur de biologie à l’école primaire qui a stimulé la curiosité de Phillippy, apportant souvent à la maison des nouvelles scientifiques de l’école pour les partager avec son fils.

“J’ai des souvenirs de mon père qui m’a parlé de l’ADN et à quel point c’était cool, et c’était au début des années 1980, quand les gens commençaient tout juste à parler de faire un projet sur le génome humain”, dit Phillippy. “Donc, j’ai eu cette exposition très tôt et c’était une de mes curiosités, mais je n’aurais jamais imaginé que cela deviendrait ma carrière.”

Ces souvenirs ont refait surface et le cheminement de carrière de Phillippy a changé, alors qu’il assistait Delcher en tant que chercheur d’été au Loyola College. Au lieu de la mémorisation aride à laquelle il associait les cours de biologie du secondaire, le domaine de la génomique ouvrait la porte à un monde d’énigmes et de questions non résolues qui le défiaient et le ravissaient.

Au cours de sa bourse au Loyola College, Phillippy a développé un logiciel pour aider les chercheurs à assembler correctement de courtes sections d’ADN séquencé en un tronçon continu.

Pendant ce temps, le consortium international de chercheurs impliqués dans le projet du génome humain tentait de créer la première ébauche de la séquence du génome humain pièce par pièce. Des milliers de chercheurs à travers le monde ont minutieusement fourni des pièces du puzzle pour contribuer à ce consortium. Le logiciel que Phillippy a aidé à construire est devenu un élément essentiel de ce projet international révolutionnaire, facilitant l’achèvement du processus ardu d’assemblage du puzzle génomique humain.

Il excellait au Collège Loyola. Dans un deuxième moment fondateur de sa carrière, Delcher a présenté Phillippy à Steven Salzberg, Ph.D., un biologiste informatique renommé à l’Institut de recherche génomique.

En 2000, le domaine de la génomique était encore petit et soudé. Alors que les chercheurs travaillaient pour terminer le projet du génome humain, Phillippy se souvient avoir discuté des résultats avec Delcher, Salzberg et d’autres chercheurs éminents en génomique.

“C’était un vrai souvenir formatif pour moi, regarder ces gens discuter des premières analyses de la séquence du génome humain”, dit Phillippy. “Tout le monde a compris la signification du moment, voyant des choses que personne n’avait jamais vues auparavant. Être dans cet environnement a vraiment suscité mon intérêt pour le domaine. »

Phillippy a effectué quelques stages supplémentaires au Loyola College, notamment l’analyse des génomes du paludisme avec Salzberg. Deux ans plus tard, après avoir obtenu son diplôme de premier cycle, l’Institut de recherche génomique a offert à Phillippy un poste d’ingénieur en bioinformatique.

Pendant plusieurs années, Phillippy et Salzberg ont travaillé en étroite collaboration sur l’assemblage et l’analyse des séquences du génome. Finalement, Salzberg est parti pour un poste à l’Université du Maryland, College Park, et Phillippy l’a suivi là-bas pour terminer son doctorat.

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